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在組織運作方面，行政院經濟建設委員會於民國95年擔任國土資訊系統推動小組召集單位，積極協助跨部會工作分組、整合、溝通與協調，並於民國96年研擬「國家地理資訊系統建置及推動十年計畫」完竣，同年7月9日報院核定後實施。行政院經建會國土資訊推動小組積極投入人力資源推動地理資訊系統發展，研究改進相關地理資訊系統技術提升，協助推動國內GIS產業發展，厚植提升市場競爭力。 國土資訊系統推動之組織架構如下圖所示：
另為訂定一致之標準制度規範供各資料庫分組作為建置資料之準繩，由內政部資訊中心召集「綜合規劃、標準制度及資料倉儲分組」，進行標準制度及資料倉儲之建立。在空間數值資料庫之建置方面則分別設置「自然環境基本資料庫」、「自然資源與生態資料庫」、「環境品質資料庫」、「社會經濟資料庫」、「交通網路資料庫」、「土地基本資料庫」、「國土規劃資料庫」、「公共管線資料庫」、「基本地形圖資料庫」等九大資料庫工作分組，依權責建立其業務範圍內之地理圖資。 國土資訊系統推動小組組成：
- 國土資訊系統推動小組
- 綜合規劃、標準制度及資料倉儲分組
- 九大資料庫分組
九大資料庫分組包括：
國土資訊系統推動小組
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召集單位
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民國79-94年：內政部
民國95年迄今：行政院經濟建設委員會
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組織成員
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小組委員除行政院經濟建設委員會、研究發展考核委員會、主計處、科技顧問組、內政部等資訊部門主管外，尚包括九大資料庫及直轄市政府召集單位等相關國土資訊系統業務之主管人員。
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權責與功能
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- 擬訂整體國土資訊系統發展計畫
- 協調各相關資料庫主管部（會）及直轄市、縣（市）政府辦理基礎資料建置工作
- 推動以資訊通信科技，建立共通、共享制度，及加值應用系統之開發
- 審議國土資訊系統相關計畫
- 考核各資料庫分組之工作計畫成效
- 推廣輔導GIS產業發展
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綜合規劃、標準制度及資料倉儲分組
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召集單位
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內政部資訊中心
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組織成員
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由內政部資訊中心作業設計科主辦，並由相關部會及直轄市政府指派資深資訊業務人員擔任研究員共同組成。
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權責與功能
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原「綜合作業分組」已自95年度起併入此工作分組，繼續由內政部資訊中心推動及執行，並由相關部會及直轄市政府指派資訊業務承辦人員擔任研究員共同組成，定期召開綜合作業分組會議，負責有關業務之推動、研究、聯繫及溝通等事宜，並包含推動小組幕僚作業、研擬國土資訊系統發展計畫、推動工作協調等。
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自然環境基本資料庫分組
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召集單位
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經濟部資訊中心
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組織成員
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包括經濟部資訊中心、經濟部水利署、經濟部工業局、經濟部中央地質調查所、經濟部臺灣電力公司、經濟部礦業司、經濟部礦物局、台灣自來水公司、內政部營建署、內政部建築研究所、交通部中央氣象局、交通部國道新建工程局、交通部高速鐵路工程局、交通部高速公路局、交通部臺灣鐵路管理局、交通部公路局、農業委員會水土保持局、農業委員會農業試驗所、農業委員會林務局、農業委員會林業試驗所、農業委員會林務局農林航空測量所、農業委員會農糧署、臺灣中油公司、臺鹽公司、臺糖公司、曾文水庫管理局、翡翠水庫管理局、石門水庫管理局、臺北市捷運工程局、臺北市政府工務局、高雄市政府捷運工程局、高雄市政府工務局、工業技術研究院能源與環境研究所、中興大學土壤環境科學系、臺灣大學農業化學研究所、中央大學太空及遙測中心等單位。
以下為各小組包含之單位：
- 土壤小組：臺糖公司糖業研究所、農業委員會農業試驗所、農業委員會林務局、農業委員會水土保持局、農業委員會林業試驗所、臺鹽公司、中興大學土壤環境科學系、臺灣大學生物環境系統工程學系。
- 地質小組：經濟部資訊中心、經濟部中央地質調查所、交通部國道新建工程局、交通部高速公路局、交通部高速鐵路工程局、交通部公路局、交通部臺灣鐵路管理局、交通部公路局材料試驗所、內政部營建署、內政部建築研究所、臺北市工務局、臺北市工務局衛生下水道工務處、臺北市捷運工程局、高雄市政府捷運工程局。
- 地形小組：臺糖公司糖業研究所、農業委員會農業試驗所、農業委員會林務局、農業委員會水土保持局、農業委員會林業試驗所、臺鹽公司、中興大學土壤環境科學系、臺灣大學農業化學研究所。
- 氣象小組：交通部中央氣象局、經濟部臺灣電力公司、臺糖公司、經濟部水利署、農業委員會林務局、農業委員會所屬各農田水利會。
- 水文小組：農業委員會林務局、經濟部水利署北中南區水資源局、自來水公司、交通部港務局、經濟部臺灣電力公司、農業委員會所屬各農田水利會、經濟部資訊中心。
- 水資源小組：經濟部水利署、經濟部水利署北中南區水資源局、交通部中央氣象局、農業委員會林務局、自來水公司、交通部港務局、經濟部臺灣電力公司、農業委員會所屬各農田水利會、經濟部資訊中心。
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權責與功能
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建立自然環境基本資料，包括土壤、地質、地形、氣象、水文及水資源等自然環境資料。
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自然資源及生態資料庫分組
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召集單位
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行政院農業委員會林務局
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組織成員
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內政部營建署國家公園組、農委會企畫處、農委會畜牧處、農委會農田水利處、農糧署、漁業署、動植物防疫檢疫局、林務局、林務局航空測量所、水土保持局、農業試驗所、林業試驗所、水產試驗所、特有生物研究保育中心
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權責與功能
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建立有關自然資源與自然生態二大類資料，自然資源類包括航遙測資源、農業資源、林業資源、漁業資源、畜產資源、礦產資源及綠資源等；自然生態資源類別則包括陸域動物生態、陸域植物生態、海域動物生態、海域植物生態、濕地動物生態、濕地植物生態、自然保留區、自然保護區及其他保護區等空間資料。
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環境品質資料庫分組
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召集單位
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行政院環境保護署監資處
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組織成員
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行政院主計處、行政院農業委員會、行政院勞工委員會、行政院衛生署、交通部、交通部中央氣象局、經濟部、內政部營建署等單位。
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權責與功能
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建立包括空氣品質、水質、土壤污染、噪音振動、非屬原子能游離輻射、環境衛生、毒性化學物質、廢棄物、環境災害、污染防治等資料。
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社會經濟資料庫分組
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召集單位
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內政部統計處
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組織成員
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行政院新聞局、行政院衛生署、行政院農業委員會、內政部、內政部營建署、財政部、教育部、經濟部、交通部
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權責與功能
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建立社會經濟資料庫，內容包括人口、教育文化、衛生、國民經濟、農林漁牧、工商及服務、財政金融、住宅、觀光遊憩等相關資料。
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交通網路資料庫分組
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召集單位
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交通部管理資訊中心
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組織成員
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交通部運輸研究所、內政部警政署及鐵路、公路、機場、捷運相關單位、直轄市建設、工務及交通等單位組成。
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權責與功能
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建立公路系統、運量系統、鐵路系統及都市運輸系統之相關交通動線資料。
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土地基本資料庫分組
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召集單位
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內政部地政司
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組織成員
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臺北市政府地政處、高雄市政府地政處、財政部國有財產局等單位組成。
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權責與功能
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建立地政相關資料，包括測量、登記、地價、地權及地用等土地資料。
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國土規劃資料庫分組
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召集單位
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內政部營建署市鄉規劃局
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組織成員
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行政院經濟建設委員會都市及住宅發展處、內政部地政司、臺北市政府都市發展局、高雄市政府工務局等單位組成。
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權責與功能
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負責建立都市計畫與區域計畫相關資料，包括土地利用、土地調查等資料。
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公共管線資料庫分組
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召集單位
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內政部營建署
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組織成員
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經濟部工業局、經濟部能源委員會、交通部路政司及相關電信、自來水、電力、瓦斯、石油、道路等主管單位組成。
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權責與功能
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建立各類公共管線分布資料，包括電信管線、電力管線、自來水管線、下水道管線、瓦斯管線、水利設施管線等公共管線資料。
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基本地形圖資料庫分組
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召集單位
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內政部地政司
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組織成員
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內政部地政司、農業委員會林務局農林航空測量所、各縣市政府工務局及地政司。
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權責與功能
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建立基本地形圖資，包括數值地形模型（DTM）、一千分之一地形圖、五千分之一地形圖、二萬五千分之一地形圖、五萬分之一以下之地形圖，並負責控制、檢核測量成果。
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